มีการต่อสู้ระหว่างยาสมุนไพรหรือยาทางเลือกและยาตามใบสั่งแพทย์นับตั้งแต่เริ่มมีการผลิตยาตามใบสั่งแพทย์เป็นครั้งแรก ผู้ที่เป็นผู้สนับสนุนยาทางเลือกมาโดยตลอดได้โต้เถียงกันตลอดหลายปีว่าพวกเขาปลอดภัยกว่าและมีอำนาจในการรักษาเช่นเดียวกับใบสั่งยาในการพยายามทำความเข้าใจการต่อสู้คุณต้องเข้าใจความแตกต่างระหว่างทั้งสอง ยาสมุนไพรนำมาจากพืชเท่านั้นในขณะที่ยาตามใบสั่งแพทย์มักทำโดยใช้สารเคมีสังเคราะห์ เมื่อพูดถึงสิ่งที่ดีที่สุดมันยากที่จะพูดอย่างแท้จริงเนื่องจากทั้งคู่มีด้านดีและด้านที่ไม่ดี
เมื่อพูดถึงเรื่องค่าใช้จ่ายยาทางเลือกยาสมุนไพรยาสมุนไพร
จะเสียค่าใช้จ่ายน้อยกว่ายาที่ซื้อผ่านใบสั่งยามาก อย่างไรก็ตามยาตามใบสั่งแพทย์มักจะมีฤทธิ์แรงกว่ายาสมุนไพรดังนั้นหากคน ๆ หนึ่งต้องพึ่งพายาสมุนไพรและต้องกินยาเหล่านี้เป็นระยะเวลานานคุณก็ยังต้องจ่ายเงินเป็นจำนวนมากแม้กระทั่งค่าสมุนไพร ยาตราบใดที่ใช้ยาตามใบสั่งแพทย์อย่างถูกต้องความปลอดภัยก็สูงมากและไม่น่าจะมีอะไรต้องกังวล เช่นเดียวกับยาสมุนไพร ดังนั้นความสำคัญคือการปฏิบัติตามคำแนะนำเพราะหากไม่ปฏิบัติตามแนวทางการใช้ยาทั้งสองรูปแบบบุคคลจะต้องประสบปัญหาบางอย่าง อย่างไรก็ตามในบางกรณียาที่ต้องสั่งโดยแพทย์ถือได้ว่าปลอดภัยกว่าเนื่องจากมีสารเคมีในปริมาณที่เป็นมาตรฐานและไม่มีส่วนผสมแบบสุ่ม
เนื่องจากอาจมีอยู่ในยาสมุนไพร มีอะไรบ้างซึ่งอาจเพิ่มโอกาสที่ผู้ป่วยจะมีปัญหาได้ ด้วยเหตุนี้จึงทำให้ยาสมุนไพรจำนวนมากสามารถมีสิ่งสกปรกที่แตกต่างกันออกไปได้ เมื่อทานยาสมุนไพรคุณอาจต้องสัมผัสกับยาฆ่าแมลง ผลลัพธ์ที่คุณอาจได้รับจากทั้งสมุนไพรและยาตามใบสั่งแพทย์จะแตกต่างกันไปในแต่ละบุคคล ยาสมุนไพรแม้ว่าอาจแตกต่างกันมากขึ้นเนื่องจากไม่ได้รับการควบคุมหรือสม่ำเสมอเหมือนยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์
ใบสั่งยามาในปริมาณที่แน่นอนพร้อมความแรงในปริมาณที่แน่นอน
ด้วยยาสมุนไพรมีหลายปัจจัยที่อาจมีผลต่อความแรงของสมุนไพรเช่นสภาพอากาศและดินก็มีอิทธิพลสองอย่าง เนื่องจากความแรงของยาสมุนไพรจะลดลงผลลัพธ์ก็จะช้าลงเช่นกัน ทั้งยาตามใบสั่งแพทย์และยาสมุนไพรมีความเสี่ยงที่จะมีผลข้างเคียงซึ่งอาจทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์เช่นเดียวกับอาการแพ้ โดยทั่วไปยาตามใบสั่งแพทย์จะทำให้เกิดผลข้างเคียงที่รุนแรงกว่ายาสมุนไพรเนื่องจากยาตามใบสั่งแพทย์มีฤทธิ์แรงกว่ายาสมุนไพร
แต่แล้วอีกครั้งยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์มีโครงร่างและระบบเตือนภัยที่ดีกว่าที่มาพร้อมกับยาสมุนไพร ทั้งสองอย่างนี้สามารถส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมได้เช่นกัน หากทำไม่ถูกต้องอาจส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมได้ ตัวอย่างเช่นหากมีการปลูกยาสมุนไพรอย่างไม่เหมาะสมอาจทำให้ดินหมดลงการเก็บเกี่ยวและการสูญเสียที่อยู่อาศัย บางครั้งยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์อาจก่อให้เกิดขยะอันตรายใช้พลังงานจำนวนมากและทำให้บรรจุภัณฑ์มีขยะมากขึ้น